По данным Государственной комиссии по делам религий Кыргызстана, 75% населения Кыргызстана проповедуют ислам, 20% — христианство, 5% — другие религии.

В Кыргызстане свою деятельность ведет одно Духовное управление мусульман Кыргызстана. Существует 9 казыятов, 3 миссии зарубежных конфессий, 50 центров, фондов и объединений, 1 Исламский университет, 8 институтов, 50 медресе и 1667 мечетей. Также 46 русских православных церквей, 1 женский монастырь.

Существуют 2 религиозные организации православного направления (не относящиеся к русской православной церкви), 292 христианские религиозные организации, 3 общины католиков, 49 общин баптистов, 30 общин адвентистов седьмого дня, 49 общин пятидесятников, 41 община свидетелей Иеговы, 21 община лютеранов, 27 неденоминированных религиозных организаций протестантского направления, 36 общин пресвитерианов, 18 христианских организаций харизматического направления, 21 миссия зарубежных конфессий, 15 религиозных учебных заведений, 26 центров и фондов, а также одна организация иудаизма и буддизма.

Также ведут свою деятельность 16 религиозных объектов других направлений в религии: общины бахаи — 12, универсальная церковь — 1, сайентологическая церковь — 1, лютеранская церковь «Конкордия» — 1, мессианская еврейская община «Бейт Иешуа» — 1.

Число иностранных граждан — миссионеров, прошедших учетную регистрацию в Госкомиссии по делам религии с 1996 года, достигло 1300 (из 54 стран мира).